6. Domaines ou risques connexes 6.3. Risques sanitaires Pandémies et maladies infectieuses Influenza aviaire

Instruction technique DGAL/SDSBEA/2021-855 du 12 novembre 2021 : SAGIR - surveillance de l’influenza aviaire dans la faune sauvage

Abrogée par l'instruction technique DGAL/SDSBEA/2024-462 du 2 août 2024

Résumé :

Cette note présente les modalités de surveillance de l'influenza aviaire sur le territoire national, pour tous les niveaux de risque.
L’Office français de la biodiversité (OFB) collabore avec la Fédération nationale des chasseurs (FNC) et coordonne la surveillance nationale des oiseaux sauvages vis-à-vis de l’influenza aviaire via le réseau SAGIR.
Le financement des analyses virologiques est assuré par l’OFB en application d’une convention avec la DGAL.
Les directions départementales et régionales peuvent prendre connaissance des résultats via le tableau transmis par l’OFB au rythme défini en fonction du niveau de risque et mis à disposition sur l’intranet de la DGAl.
Les résultats positifs en IAHP font l’objet d’une communication directe du LNR à la DGAL qui, après en avoir pris connaissance, informe l’OFB, la DDecPP, ainsi que le laboratoire agréé ayant réalisé l’analyse de criblage.

Textes de référence :

• RÈGLEMENT (UE) 2016/429 DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL du 9 mars 2016 relatif aux maladies animales transmissibles et modifiant et abrogeant certains actes dans le domaine de la santé animale («législation sur la santé animale») RÈGLEMENT D'EXÉCUTION (UE) 2018/1882 DE LA COMMISSION du 3 décembre 2018 sur l'application de certaines dispositions en matière de prévention et de lutte contre les maladies à des catégories de maladies répertoriées et établissant une liste des espèces et des groupes d'espèces qui présentent un risque considérable du point de vue de la propagation de ces maladies répertoriées RÈGLEMENT DÉLÉGUÉ (UE) 2020/687 DE LA COMMISSION du 17 décembre 2019 complétant le règlement (UE) 2016/429 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne les règles relatives à la prévention de certaines maladies répertoriées et à la lutte contre celles-ci RÈGLEMENT DÉLÉGUÉ (UE) 2020/689 DE LA COMMISSION du 17 décembre 2019 complétant le règlement (UE) 2016/429 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne les règles applicables à la surveillance, aux programmes d’éradication et au statut «indemne» de certaines maladies répertoriées et émergentes
• Arrêté du 15 février 2007 fixant les mesures techniques et administratives prises lors d'une suspicion ou d'une confirmation d'influenza aviaire hautement pathogène causée par un virus de sous-type H5N1 chez les oiseaux sauvages.
• Arrêté du 18 janvier 2008 fixant des mesures techniques et administratives relatives à la lutte contre l’influenza aviaire.
• Arrêté du 12 mai 2015 qualifiant le niveau de risque en matière d'influenza aviaire hautement pathogène.
• Arrêté du 9 février 2016 déterminant des dispositions de lutte complémentaires contre l’influenza aviaire hautement pathogène suite à la détection de la maladie sur le territoire français.
• Arrêté du 16 mars 2016 relatif aux niveaux du risque épizootique en raison de l’infection de l’avifaune par un virus de l’influenza aviaire hautement pathogène et aux dispositifs associés de surveillance et de prévention chez les volailles et autres oiseaux captifs.

La présente instruction distingue principalement deux modalités de surveillance événementielles, l’une s’inscrit dans une logique de veille sanitaire, l’autre fait suite à la présence avérée du virus dans un territoire donné.

La surveillance événementielle des mortalités d’oiseaux sauvages peut être complétée, selon les circonstances, par une surveillance programmée également mise en œuvre par l’OFB en accord avec la DGAL. La surveillance programmée ne fait pas l’objet de cette note, qui ne porte que sur la surveillance des mortalités.

I. Les différents types de surveillance

I – 1. La surveillance événementielle : réseau SAGIR

La surveillance événementielle consiste à surveiller les mortalités anormales d’oiseaux sauvages. Elle est mise en œuvre sur l’ensemble du territoire indépendamment des cas d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) qui pourraient être mis en évidence dans la faune sauvage ou chez les oiseaux captifs. Elle vise à détecter le plus précocement possible la présence et la diffusion de virus IAHP. Cette surveillance est réalisée dans le cadre du réseau SAGIR.

La décision de rechercher le virus de l’IA est prise par un interlocuteur technique départemental du réseau SAGIR (= ITD SAGIR) dans les cas et sur les critères suivants :

• Cygne : dès le premier oiseau trouvé mort ;
• Autres espèces : mortalités groupées d’oiseaux sauvages correspondant à la découverte d’au moins trois (3) cadavres d’oiseaux d’une ou plusieurs espèces sur un même site (sur un rayon d’environ 500 m) et sur un laps de temps maximal d’une semaine.

Les oiseaux en état de décomposition avancée, tués à la chasse ou dont la cause de la mort paraît évidente, comme par exemple le botulisme, ne seront pas analysés.


I – 2. La surveillance événementielle renforcée des oiseaux sauvages : réseau SAGIR renforcé

La surveillance événementielle renforcée de la mortalité des oiseaux sauvages est mise en œuvre dans deux contextes de circulation virale, soit lors d’une circulation dans l’avifaune sauvage, soit une circulation dans les élevages domestiques de volailles et autres oiseaux captifs, et tout le temps dans les zones à risque particulier (ZRP). De ce fait, elle peut concerner uniquement certaines parties du territoire, notamment en fonction du niveau de risque défini par arrêté ministériel en application de l’AM du 16 mars 2016 précité.

En complément des critères du réseau SAGIR décrits au paragraphe I–1., la décision de rechercher l’IA en surveillance renforcée est prise par l’ITD SAGIR dans les cas suivants :

• Cygne : dès le premier oiseau trouvé mort ;
• Autres espèces : mortalité isolée ou groupée des oiseaux appartenant systématiquement aux familles suivantes : anatidé, laridé, rallidé (= dès 1 oiseau mort). En fonction du contexte et de l'analyse de risque, il est possible que cette surveillance renforcée s'applique sur d'autres catégories d'espèces, comme les échassiers ou les rapaces.

II. Conditions de mise en œuvre de la surveillance

La surveillance événementielle des mortalités d’oiseaux sauvages est mise en œuvre selon les critères détaillés ci-dessous. Les modalités de surveillance sont liées au niveau de risque IA (négligeable, modéré et élevé) et au type de territoire (ZRP, ZRD).


II – 1. Surveillance selon le niveau de risque épizootique IA

La catégorie de surveillance dépend du niveau de risque et du type de zone géographique concerné par ce niveau de risque pris en application de l’arrêté du 16 mars 2016 modifié.

Les mesures applicables à un niveau de risque s’appliquent également aux niveaux de risque supérieurs.


Carte des zones à risque particulier (ZRP).

Les communes concernées sont listées en annexe de l’arrêté du 16 mars 2016.


 

Surveillance Surveillance événementielle classique	Niveau de risque épizootique IA
	Négligeable	Modéré	Elevé
	Sur l’ensemble du territoire
Surveillance événementielle renforcée	Dans les zones à risque particulier (ZRP)	Sur l’ensemble du territoire	Sur l’ensemble du territoire

 
II – 2. Surveillance dans les zones réglementées

Les zones réglementées en application des mesures de police prévues par le règlement UE 2020/687 sont :

• Zones de protection et de surveillance, autour d’un foyer en élevage
• Zone de contrôle temporaire, autour d’un groupe de foyers en élevage ou d’un cas en faune sauvage 

	Type de zone IA
	Zone indemne	Zones de protection et de surveillance	Zones de contrôle temporaire
Surveillance événementielle classique	X
Surveillance événementielle renforcée		X	X

 















III. Modalités de mise en œuvre de la surveillance

La mise en œuvre de cette surveillance comporte plusieurs étapes qui impliquent différents acteurs. Dans tous les cas, la référence pour la traçabilité de l’ensemble du dossier est le numéro SAGIR.


III – 1. Déclaration des mortalités

Les déclarations de mortalités d’oiseaux sauvages sont réceptionnées par le réseau SAGIR. Dans chaque département, ce réseau est représenté par un agent de l’OFB et un agent de la Fédération départementale des chasseurs (FDC). Les appels reçus par les préfectures et les DDetsPP doivent être dirigés vers ces interlocuteurs dont les coordonnées doivent être préparées localement.


III – 2. Collecte et transport

La collecte et le transport des cadavres vers le laboratoire d’analyses sont assurés par le service départemental de l’Office français de la biodiversité (SD-OFB) et les Fédérations départementales des chasseurs (FDC) selon le protocole défini par SAGIR.


III – 3. Document d’accompagnement

Les interlocuteurs techniques départementaux (ITD) de l’OFB renseignent la fiche SAGIR en indiquant le cas échéant et selon le contexte :

• La date de découverte de l’oiseau ;
• La répartition des oiseaux collectés par nombre et par espèce (sachant qu’il doit y avoir une fiche SAGIR différente pour chaque espèce) ;
• Le lieu de prélèvement : la commune de collecte (il est possible d’y associer les coordonnées GPS)

La traçabilité est assurée par le numéro unique de la fiche SAGIR, qui doit figurer sur l’ensemble des résultats d’analyses et les factures. La fiche SAGIR accompagne les prélèvements jusqu’au laboratoire de criblage et le cas échéant, jusqu’au Laboratoire national de référence (LNR). En effet, il est indispensable que l’ensemble des intervenants, et notamment le LNR, puissent disposer de tous les éléments d’information se rapportant aux prélèvements afin d’assurer la traçabilité et l’interprétation des résultats, ainsi que, le cas échéant, la priorisation des analyses.


III – 4. Autopsie et prélèvements pour l'IA

Le traitement des cadavres par les laboratoires concernés par SAGIR est réalisé selon les informations figurant sur la fiche d’accompagnement.

Sauf si l’autopsie permet d’établir une cause évidente de mortalité autre que l’influenza aviaire, le laboratoire réalise sur chaque cadavre un seul écouvillon cloacal (ou intestinal s’il n’y a pas suffisamment de fiente) et un seul écouvillon trachéal. En cas de mortalité groupée, la recherche de virus influenza aviaire ne sera entreprise, pour une collecte donnée dépassant 5 oiseaux, que sur 5 oiseaux maximum par espèce, par semaine et par commune de découverte.

Le délai d’acheminement du/des cadavres d’oiseaux vers le laboratoire d’autopsie doit être le plus court possible, en niveau de risque épizootique « modéré » ET « élevé ».

La décision de réaliser des analyses supplémentaires est laissée à l’appréciation du réseau SAGIR. L’ITD doit avertir la DDecPP du lieu de collecte de tout évènement notable de mortalités selon le protocole d’entente établi localement.


III - 5. Réalisation des analyses

Les analyses sont exclusivement virologiques et réalisées par les laboratoires agréés pour la méthode RT-PCR influenza aviaire. La liste des laboratoires et les analyses pour lesquelles ils sont agréés figurent à l’adresse suivante : http://agriculture.gouv.fr/laboratoires-agrees-et-methodes-officielles-en-santeanimale

Si le laboratoire qui reçoit les oiseaux et réalise les autopsies (et prélèvements) n’est pas agréé pour les PCR IA, il doit transmettre les écouvillons et les autres prélèvements éventuels, accompagnés d’une copie de la fiche SAGIR, à un laboratoire agréé.

Le délai de réalisation de l’analyses doit être le plus court possible en niveau de risque épizootique « modéré » ET « élevé ». Sauf situation exceptionnelle, dûment validée par la DDecPP, il n’est pas nécessaire de faire réaliser le dépistage en urgence le week-end. Les frais liés à l’urgence seront alors pris en charge par la DDecPP.


III – 6. Résultats de laboratoire

III- 6.1. Laboratoire agréé

• Résultat négatif (H5 - et H7 -) : le laboratoire agréé transmet les résultats négatifs à l’OFB ainsi qu’au prescripteur local et au laboratoire d’autopsie le cas échéant.
• Résultat positif H5 + ou H7 + : le laboratoire agréé transmet par voie électronique :
  1. Les résultats et la fiche SAGIR à la DDecPP du site où ont été trouvés les oiseaux avec en copie la DGAL, à la boite [email protected]. La suspicion est alors enregistrée (cf III-7).
  2. Au LNR les résultats d’analyse, une copie du document d’accompagnement ainsi que le matériel à analyser pour terminer l’analyse, identifier la neuraminidase et définir le caractère hautement ou faiblement pathogène dans les 24h;

La DGAl informera l’OFB.


III - 6.2. Laboratoire national de référence

Quel que soit le résultat des analyses, le LNR transmet les résultats à la DGAL aux adresses suivantes : [email protected] et [email protected]

La DGAL transmet tous les résultats (positifs ou infirmés) à l’OFB, et à la DDecPP qui les relaie au laboratoire agréé. Le cas échéant, le laboratoire agréé transmet les résultats au laboratoire d’autopsie.


III – 7. Enregistrement

En complément de l’enregistrement du résultat par l’OFB, la DDecPP du lieu de découverte des oiseaux, enregistre dans SIGNAL-IA/Cartogip les résultats positifs H5/H7 émis par un LDA et les géolocalise dans Cartogip. La fiche reprend les commémoratifs SAGIR et sera complétée autant que de besoin par les éléments analytiques, notamment le caractère hautement ou faiblement pathogène et la souche concernée.


III - 8. Facturation des analyses

Les laboratoires d’autopsie facturent les autopsies selon le fonctionnement SAGIR. Cette facturation inclut les frais d’écouvillonnage et d’envoi des écouvillons pour analyses influenza. Les laboratoires de criblage déposent leurs factures d’analyses influenza sur Chorus en y indiquant le numéro unique de prélèvement (SAGIR) qui sert pour la traçabilité de l’ensemble de la surveillance tel qu’il leur est demandé dans le cadre du réseau SAGIR.

L’OFB assure des paiements réguliers pour tous les résultats qu’il reçoit. Il tient les factures à la disposition de la DGAL, qui pourra les réclamer en cas de contrôle financier par la Commission européenne.

Ainsi, l’ensemble des coûts de la surveillance IA (hors LNR) est pris en charge par l’OFB dans le cadre d’une convention avec la DGAL.

Pour les analyses réalisées au LNR, c’est la DDecPP qui les prend en charge au nom de la police sanitaire.


III – 9. Suivi de la surveillance

L’OFB intègre l’ensemble des résultats à sa base de données et complète le tableau de suivi en indiquant :

• Le type de zone géographique concernée : zone indemne, zone à risque particulier, zone de protection ou de surveillance, zone de contrôle ou d’observation, zone réglementée ;
• et le niveau de risque IAHP lié à la faune sauvage appliqué au lieu de découverte du cadavre : négligeable, modéré ou élevé.

L’OFB envoie le tableau de suivi au plus tard 15 jours après la fin de chaque semestre à la DGAL et à l’Anses. Afin de respecter les délais imposés pour les déclarations à l’UE et à l’EFSA, le tableau du 1er semestre est transmis au plus tard le 15 juillet et le tableau final est transmis au plus tard le 15 janvier de l’année suivante à l’adresse : [email protected] avec l’objet suivant : « surveillance influenza aviaire faune sauvage ».

L’annexe de la présente note précise le rôle des laboratoires vétérinaires dans la mise en œuvre des analyses pour le réseau SAGIR.
Vous voudrez bien tenir informé le bureau de la santé animale à l’adresse suivante : [email protected] de toute difficulté que vous pourriez rencontrer dans l’application de cette instruction.

La directrice générale adjointe de l’alimentation – CVO
Emmanuelle SOUBEYRAN


Annexe à destination des laboratoires de proximité agréés ou non IA pour l’analyse des oiseaux trouvés morts dans le cadre du réseau SAGIR et SAGIR renforcé

La DGAL délègue la maitrise d’ouvrage de la surveillance influenza aviaire sur les oiseaux sauvages libres à l’OFB (pour mémoire, la surveillance pour les oiseaux sauvages captifs est encadrée par les DDecPP).

Cette annexe précise le rôle des laboratoires vétérinaires dans la mise en œuvre des analyses pour le réseau SAGIR.

Chaque oiseau trouvé mort et conduit à un laboratoire doit être relié à un prescripteur local (en général le collecteur, qui peut être la FDC ou le SD-OFB) et à un prescripteur national (l’OFB).

Le laboratoire qui reçoit l’oiseau pour analyse, est appelé « laboratoire de proximité » ; il réalise l’autopsie et la recherche de virus IA, s’il est agréé sinon il doit transférer les prélèvements vers un laboratoire agréé pour analyse virologique IA.

Les méthodes officielles d’analyse sont consultables sur le site internet du ministère chargé de l’agriculture : http://agriculture.gouv.fr/laboratoires-agrees-et-methodes-officielles-en-sante-animale.

Contrairement aux analyses sur les prélèvements en élevages de volailles, les analyses IA sur la faune sauvage ne sont pas considérées comme des urgences (réalisation des analyses selon le protocole normal du laboratoire). Toutefois elles doivent être traitées autant que possible de façon à ne pas altérer l’interprétation des résultats dans les 48h qui suivent la réception au laboratoire. Ce délai ne doit pas dépasser 24h dans les zones à risque particulier et lorsque les niveaux de risques sont modérés et élevés.

L’ITD qui a collecté les animaux doit avertir la DDecPP de tout évènement notable et en cas de contexte anormal et/ou de collecte dans une zone à risque. La décision de mettre en analyse en urgence est alors décidée localement (information DGAL et OFB). A noter que la réalisation des analyses en urgence peut engendrer des frais supplémentaires, l’urgence doit donc être entendue collectivement. Les frais éventuels seront assumés par la DDecPP.


1. Gestion des oiseaux morts qui arrivent au laboratoire de proximité

a) Situation normale

Les animaux sont collectés dans le cadre du réseau SAGIR. Ils arrivent au laboratoire avec une fiche SAGIR.

La fiche SAGIR contient toutes les informations nécessaires :

• Le numéro SAGIR est un numéro unique national, qui doit servir d’identifiant pour assurer la traçabilité du résultat : pour chaque étape analytique et pour le suivi administratif, dont la facturation ;
• Elle mentionne expressément la demande d’analyses influenza aviaire. Le laboratoire réalise la préparation des écouvillons prévus (quelle que soit l’espèce et le nombre d’oiseaux concernés) ;
• Elle peut éventuellement mentionner d’autres analyses ;
• Elle ne doit concerner qu’une seule espèce animale mais peut concerner plusieurs oiseaux de la même espèce;

Le laboratoire reprend dans son système d’information les éléments suivants : espèce concernée, nombre d’oiseaux, commune de collecte, date de collecte, et organisme du collecteur. Le laboratoire identifie le prescripteur local (FDC ou SD-OFB ou DDPP) qui sera destinataire des résultats, cf infra ;

Les oiseaux qui rentrent dans le protocole SAGIR seront par défaut considérés comme morts au moment du prélèvement (les prélèvements sur oiseaux vivants ne devraient rentrer que dans un programme de surveillance active, qui n’est pas concerné par cette NS).

b) Situations atypiques

Les oiseaux arrivent au laboratoire par une tierce personne :

• Le laboratoire doit se rapprocher du SD-OFB pour valider ou non la prise en charge et créer la fiche SAGIR puis le protocole reprend son cours normal ;
• Le laboratoire dispose d’une fiche-SAGIR : le protocole reprend son cours normal ;
• Dans tous les cas, le laboratoire transmet l’information à l’OFB pour que cette situation se reproduise le moins possible.

Remarque : des oiseaux arrivent parfois par le canal de la DDecPP. Même si la DDecPP est bien la responsable de la police sanitaire de l’influenza aviaire, c’est le SD-OFB qui reste le pilote de la surveillance. Les oiseaux doivent donc faire l’objet d’une fiche SAGIR.

Les oiseaux arrivent en mauvais état (évolution post-mortem avancée ou cadavre non intègre)

• Le laboratoire décide des prélèvements qui sont réalisables, et en informe le collecteur.

Il y a plusieurs espèces sur la même fiche SAGIR :

• Les oiseaux seront regroupés par famille pour « pooler » les prélèvements (se faire aider par le SD-OFB si nécessaire) (cf infra)
• Le laboratoire ouvre un dossier par famille d’oiseau concernée, qui correspondra à des analyses indépendantes.

Le laboratoire reçoit des oiseaux mais l’analyse influenza aviaire n’est pas expressément demandée. Il prend en compte les critères suivants :

• Si c’est un cygne, il doit systématiquement réaliser l’analyse dès qu’elle est possible, sans se préoccuper de la demande.
• S’il s’agit d’autres oiseaux d’eau (de la famille des anatidés, rallidés ou laridés), la décision d’analyse dépend du niveau de risque : l’analyse doit être réalisée dès le 1er oiseau mort si l’oiseau provient d’une zone à risque particulier (ZRP de l’AM du 16 mars 16), ou d’une zone où le niveau de risque est de niveau modéré ou de niveau élevé, ou d’une zone réglementée pour un foyer en élevage.
• En cas de doute, le laboratoire peut se rapprocher de l’OFB pour la conduite à tenir.

L’espèce des oiseaux mentionnée est imprécise

• Le laboratoire est encouragé à compléter l’espèce s’il le peut avec certitude. Sinon, il prend contact avec le SD-OFB pour obtenir la précision. Le laboratoire peut également prendre des photos et les transmettre à l’OFB.

2. Réalisation des autopsies, des prélèvements pour analyse IA et des autres modalités de diagnostic

Selon les cas, le laboratoire adaptera son protocole d’autopsie :

• Soit le prescripteur local fait une demande de diagnostic et sollicite une autopsie complète ;
• Soit l’oiseau est prioritairement amené pour une recherche d’influenza, et dans ce cas le protocole d’autopsie est sommaire et entraine surtout la réalisation des écouvillons nécessaires ;
• Dans les 2 cas, le laboratoire réalise individuellement, à concurrence de 5 oiseaux pour la même espèce, un écouvillon trachéal ou oro-pharyngé, et séparément un écouvillon cloacal, en vue d’analyses virologiques (si le laboratoire a reçu plus de 5 oiseaux de la même espèce, il choisit 5 oiseaux pour réaliser les écouvillonnages) ;
• Si l’état de l’oiseau ne permet pas de réaliser les 2 prélèvements, le laboratoire doit le mentionner expressément dans le résultat ;
• Le laboratoire ne réalisera jamais de prélèvements sur organes pour l’IA en faune sauvage, sauf demande expresse du prescripteur national. Il peut y avoir une demande complémentaire concernant d’autres analyses hors IA, effectuée par un tiers (par exemple botulisme, toxiques, ... : il faut alors parfaitement identifier le demandeur et le payeur de ces analyses complémentaires, cf § 9 ci-dessous) ;
• Si le laboratoire est agréé pour l’analyse virologique de l’influenza aviaire par PCR, il réalise directement les analyses, en les poolant si possible. Sinon, il conditionne les écouvillons individuels (en milieu de conservation et de transport approprié) : soit dispositif de prélèvement et de transport commercialisé prêt à l’emploi de type Virocult® soit écouvillon sec préparé par le laboratoire selon les indications du manuel de diagnostic européen) pour un envoi à un laboratoire agréé en RT-PCR IA ;
• Conditionnement des écouvillons pour la transmission à un laboratoire agréé :
  • Conditionnement en frais si les délais de transmission sont maîtrisés (24 h maximum sont à privilégier)
  • Surgélation < -65 °C autant que possible si les délais ne sont pas maitrisés.
  • La congélation à -20°C est à éviter car elle altère la viabilité ultérieure du virus.

Si le prescripteur local le demande, le laboratoire peut être amené à réaliser ou sous-traiter d’autres analyses. Celles-ci deviennent alors indépendantes du circuit influenza (avec notamment une facturation différente, cf infra).
Conditions d’emballage et de transport : IT 2019-534 guide technique http://intranet.national.agri/Guide-de-conditionnement-emballage.

3. Transport des écouvillons

Une fois les prélèvements stabilisés, s’il n’y a pas d’urgence particulière qui justifierait d’engager des frais
particuliers, le laboratoire veillera à ne pas engager de frais inutiles dans ce cadre auprès des transporteurs.

4. Le poolage des échantillons

Le laboratoire agréé réalise autant que possible un poolage des écouvillons reçus, selon les règles suivantes :

• Les écouvillons sont poolés uniquement avec des écouvillons de même nature (soit cloacal, soit oropharyngé) ;
• Les pools ne dépassent jamais 5 écouvillons ;
• Le laboratoire doit pooler les écouvillons en fonction des espèces d’oiseaux concernées :
  • Si les oiseaux sont de la même espèce, les écouvillons sont poolés, à concurrence de 5 par poolage et sauf demande particulière, un seul pool de 5 est destiné à l’analyse ;
  • Pour la famille des anatidés :
    • les cygnes (toutes espèces) sont poolés ensemble, mais avec aucune autre espèce ;
    • les oies (toutes espèces) sont poolées ensemble, mais avec aucune autre espèce ;
    • les canards sont poolés ensemble, mais avec aucune autre espèce ;
• Pour les autres familles : tous les écouvillons de même nature des oiseaux d’une même famille doivent être poolés ensemble et les espèces ne sont pas mélangées dans les pools.

5. Analyses de dépistage IA

Le protocole commence toujours par la seule analyse du gène M par RT-PCR temps réel, selon les méthodes officielles en vigueur, et sur les écouvillons. Pour toute analyse sur organes, il faut une demande expresse du prescripteur national. De même pour réaliser les analyses H simultanément au gène M.

La suite du protocole dépend du résultat à cette étape :

• Soit le résultat est négatif, et le protocole analytique est terminé, le laboratoire peut rendre le résultat (cf infra) ;
• Soit le résultat est positif, et le laboratoire poursuit le protocole analytique en procédant à l’analyse du gène H5 et du gène H7 par RT-PCR temps réel selon les méthodes officielles en vigueur ;

En période de forte augmentation du nombre d’analyses à réaliser, si un laboratoire est amené à procéder en priorité à la recherche soit du H5 soit du H7, il doit en avertir immédiatement le LNR et la DGAL ;

• Si les résultats H5 et H7 sont négatifs, et les résultats peuvent être rendus (cf infra)

Les échantillons doivent être transmis au LNR qui réalisera des investigations complémentaires, sans interférence sur la conclusion relative à la recherche de gène H5 ou H7. Afin de réduire les coûts de transports, il est possible de regrouper plusieurs cas en un seul envoi.

• Si un résultat est positif soit pour H5 soit pour H7 :
  • Si le résultat correspond à un pool d’écouvillons, le laboratoire reprend systématiquement les analyses individuelles sur les écouvillons qui ont constitué le pool positif et sur le gène incriminé.
    • Soit le laboratoire trouve des oiseaux positifs, et le protocole continue (cf infra).
    • Soit le laboratoire ne retrouve aucun oiseau positif : le laboratoire envoie les échantillons au LNR : ARN extraits du mélange positif (et des écouvillons individuels correspondants) pour analyse de pathotypage au LNR à partir du mélange.
  • Tous les échantillons positifs H5/H7 sont transmis au LNR pour confirmation, avec la fiche SAGIR et le rapport d’essai du laboratoire agréé : ARN extraits et écouvillons (ou surnageants d’écouvillons) d’origine.
    • Le laboratoire transmet son rapport d’essai à la DGAL ([email protected]) et à la DDecPP.

6. Transports vers le LNR

Résultats positifs en RT-PCR temps réel gène M, mais négatifs en RT-PCR temps réel gènes H5 et H7 : la suite analytique est à réaliser, mais sans urgence. Il est donc possible de regrouper les différents dossiers avant envoi au LNR : prévoir de la carboglace pour l’envoi des surnageants d’écouvillons / organes (éventuels).

Résultats positifs en RT-PCR temps réel gène H5 ou H7 :  Le transfert doit se faire immédiatement via un transporteur rapide préalablement identifié. Dans le cas d’indisponibilité en carboglace, il est demandé d’envoyer les ARN sous couvert de froid positif de manière immédiate, et prévoir dans les meilleurs délais un transport des surnageants d’écouvillons avec carboglace. Le délai de transfert doit être le plus court possible mais aucune urgence ne justifie un transfert le week-end.

7. Analyses complémentaires pour les positifs en H5 et H7

A la suite de résultats de criblage positifs en RT-PCR H5 ou H7, l’analyse de pathotypage est réalisée par le LNR :

• Si le résultat est positif, le LNR transmet son résultat à la DGAL exclusivement (bal alerte).
• en cas de résultat négatif, le LNR transmet son résultat à la DGAL ainsi qu’au laboratoire agréé et à l’OFB.

8. Circuit des analyses et des résultats (hors analyses complémentaires)

9. Gestion de la facturation

L’influenza aviaire hautement pathogène est une maladie réglementée, les analyses doivent faire l’objet d’un circuit spécifique de facturation :

• Tout ce qui concerne la faune sauvage captive doit être facturé à la DDecPP ;
• L’OFB prend en charge le paiement des analyses de la faune sauvage libre, selon le protocole Chorus qui a été préalablement transmis.

a) Ce qui rentre dans le circuit IA de facturation à l’OFB :

• l’autopsie et la réalisation des prélèvements ;
• le transport des écouvillons du laboratoire de proximité vers un laboratoire agréé, le cas échéant
• la réalisation des analyses de dépistage selon le protocole précisé supra (donc a priori uniquement sur des écouvillons. Les analyses sur organes non demandées expressément ne seront pas prises en charges financièrement) ;
• le cas échéant, le transport du matériel biologique vers le LNR.

Tous ces éléments sont pris en charge intégralement par l’OFB dans le cadre d’une convention avec la DGAL. La facture doit inclure autant que possible le numéro SAGIR, et impérativement le Code du laboratoire présent sur le résultat, et ne sera acquittée que si l’intégralité des résultats correspondants ont été transmis à l’OFB (sans préjudice des autres destinataires des résultats).
Le laboratoire peut enregistrer les factures au rythme qu’il souhaite, la seule condition est que les résultats soient déjà transmis.

b) Ce qui ne rentre pas dans le circuit IA de facturation à l’OFB :

• Toute demande de protocole particulier pour le diagnostic IA, par ex :
  • Réalisation simultanée des différentes étapes analytiques (gène M et H5/H7 simultané) ;
  • Analyses sur organes non demandées expressément par le prescripteur national ;
  • Accélération du protocole (analyse et transfert) sous couvert d’une urgence (ex prélèvements arrivés le vendredi : le protocole national prévoit par défaut qu’ils peuvent être analysés le lundi. Si un prescripteur local souhaite obtenir les résultats plus rapidement, il prend en charge les frais supplémentaires) ;
• Les analyses complémentaires hors IA, celles-ci doivent être réalisées en accord avec le demandeur ;
• Les analyses complémentaires de diagnostic IA réalisées par le LNR, qui sont prises en charge systématiquement par les DDecPP au nom de la police sanitaire.

Dans tous les cas, le laboratoire doit s’assurer que le prescripteur local prendra en charge financièrement ces analyses (hors IA), avant de les réaliser. Ces éléments ne doivent pas être incorporés à la facture transmise à l’OFB.